ハイジャック→特攻テロ，という ハイジャックされた時点で全てが終ってる (交渉とか隙をうかがう余地なし)例を見せられてしまいました．
ハイジャックしにくくするにはどうすれば... と考えると，飛行機を風呂仕立てにして皆さん持ち込みはタオル一枚で， とか冗談めいた考えしかでません．
ハイジャックされたとして，機の制御まで犯人の手に落ちないように， 飛行機をパイロットと地上管制以外の言うことを聞かないようにする， とかいう筋を考えるのが技術的に自然な発想だと思うのですが， この筋はシビアな矛盾に陥いるような気がします．
http://www.st.rim.or.jp/~donogo/2001/09/12.html